Als die Wilhelm-von-Humboldt-Schule das architekturgeschichtlich spannende Schulgebäude in der Gudvanger Straße übernahm, musste der Bau zunächst im Innern renoviert werden. Er bekam freundliche Klassenräume, Büros, Treppenhäuser und Flure, sowie hier und da neue Fußbodenbeläge.
Die Aulabestuhlung konnte von der Schinkel-Realschule übernommen werden. 2008/09 konnten zudem Teile des Schulhofs umgestaltet und mit neuen Sitzgelegenheiten, Kletter- und Spielgeräten versehen werden. 2010 wurde an der Hofseite des linken äußeren Gebäudetrakts darüber hinaus mit dem Anbau eines Essensbereichs begonnen, der die bisherige provisorische Mensa im Kellergeschoss ersetzte.
Zunächst nutzte die Wilhelm-von-Humboldt-Schule den gesamten Bau in der Gudvanger Straße 16-20 und die dritte und vierte Etage des Gebäudes in der Erich-Weinert-Straße 70 sowie den dazwischen liegenden Schulhof samt angrenzendem Vereinsfußballplatz.
Im Mittelteil des Gebäudes Gudvanger Straße haben Aula und Turnhalle ihren festen Platz. In den Außenflügeln sind das Haus „Wald und Wiese“ (linker Flügel: Gudvanger Straße 16) und das Haus „Universum“ (rechter Flügel: Gudvanger Straße 20) mit ihren Lerngruppen untergebracht. Im Erdgeschoss und in der zweiten Etage des linken Gebäudeflügels befinden sich überdies die ebenfalls neu ausgestatteten, modernen Freizeitbereiche mit Kreativ-, Lese- und Spielräumen.
Seit dem Schuljahr 2010/11 konnte das Stammgebäude in der Gudvanger Straße dem stetig wachsenden Raumbedarf der Wilhelm-von-Humboldt-Schule allerdings kaum mehr alleine gerecht werden. Daher wurden zunächst in Eigeninitiative der Eltern in der dritten und vierten Etage des benachbarten Gebäudes der aufgelösten Schinkel-Realschule in der Erich-Weinert-Straße mehrere Klassenräume für das Haus „Geschichten“ in frischem Gelb gestrichen. Eine umfassende denkmalpflegerische Instandsetzung des 1913/14 vom Berliner Baustadtrat Ludwig Hoffmann (1852–1932) realisierten wilhelminischen Gebäudes mit Innenhof und integrierter Turnhalle folgte und wurde 2015 abgeschlossen.
Somit verfügt die Schule nun über ein großes modernes Schulareal im Bereich Gudvanger /Erich-Weinert-Straße, in dessen Zentrum zwei prägnante historische Schulgebäude aus zwei ganz unterschiedlichen Epochen stehen.